제조업 법인세 절감,
경정청구로 3년치 대규모 세금 환급까지 받은 전략은?

대한민국 제조업 대표님들의 공통된 고민은 “매출은 늘었는데, 남는 게 없고 세금만 많다”는 것입니다.

이는 대부분 실제 이익보다 장부상 이익이 부풀려져 있거나, 받아야 할 세금 혜택을 놓치고 있기(R&D 공제 누락) 때문인데요.

특히 기술 개발에 투자를 많이 하는 기업일수록 이 두 가지 구멍을 막지 못하면 밑 빠진 독에 물 붓기가 된다는 사실은 이미 잘 아실겁니다.

제조기업의 잘못된 원가 산정 방식을 뜯어고치고, 3년 치 놓친 R&D 세액공제를 소급 적용하여 대규모 세금 환급을 이끌어낸 성공 사례를 살펴보시고 놓치고 있는 세금은 없는지 확인해 보시죠.

1. 제조업 법인세 절감 및 경정청구 해결 개요

✔ 사건명: 제조업 재고 자산 재평가 및 연구인력개발비(R&D) 경정청구

✔ 대상: 특수 산업용 부품 제조 중소기업 (제조업)

✔ 핵심 쟁점

– 매출 주기와 맞지 않는 재고 자산 평가로 장부상 이익 과대 계상

– 기업부설연구소를 운영 중임에도 R&D 인건비/위탁비 세액공제 전면 누락

✔ 솔루션

– 재고 평가 방법 변경 + 3개년 치 R&D 공제 소급 청구

✔ 결과

경정청구 인용 → 과다 납부한 법인세 환급 및 향후 절세 시스템 구축

2. 사건의 위기: 이익은 부풀려지고, 혜택은 0원인 상태

본 사건의 의뢰인은 특수 산업용 부품을 제조하는 건실한 중소기업이었습니다.

하지만 제조업 법인세 진단 결과, 재무제표는 기업의 실상을 전혀 반영하지 못하고 있었는데요.

첫 번째 리스크는 ‘가짜 이익’이었습니다.

부품 제조 특성상 재고 회전이 불규칙함에도 불구하고, 획일적인 재고 평가 방법을 사용하고 있었습니다. 이로 인해 창고에 쌓인 재고가 마치 이익처럼 잡혀, 실제 벌어들인 돈보다 훨씬 많은 법인세를 내고 있으셨죠.

두 번째 리스크는 ‘혜택 포기’였습니다.

기술 경쟁력을 위해 전담 연구 부서까지 운영하며 막대한 인건비와 개발비를 쓰고 있었지만, 정작 세무 신고 시에는 ‘연구인력개발비 세액공제’ 항목이 빠져 있었습니다. 받을 수 있는 가장 큰 혜택을 스스로 발로 차버린 셈이었습니다.

3. 세무법인 테헤란의 해결 전략: ‘원가’는 현실화, ‘공제’는 최대화

세무법인 테헤란은 제조업에 특화된 전략으로 원가 관리 최적화와 숨겨진 공제 발굴이라는 투트랙 전략을 진행했습니다.

① 재고 자산 평가 방법의 합리적 변경

가장 먼저 장부의 거품을 걷어냈습니다.

이후 의뢰인의 실제 매출 흐름과 생산 주기를 분석하여, 이에 가장 적합한 재고 자산 평가 방법으로 변경 신고하였죠.

이를 통해 불필요하게 높게 잡혀있던 기말 재고액을 조정함으로써, 장부상 이익을 현실화하고 법인세 과세 표준을 합리적으로 낮췄습니다.

② 3년 치 R&D 세액공제 소급 적용

3년간 놓친 돈을 되찾기 위해 경정청구를 진행했습니다.

지난 3년간 지출된 연구 전담 인력의 인건비와 시제품 제작비, 위탁 개발비 등을 정밀하게 재계산했죠.

단순 누락이 아니라 해당 비용이 세법상 ‘연구인력개발비’에 해당함을 입증하는 소명 자료를 완벽하게 구비하여 국세청에 환급을 신청하였습니다.

③ 장기적 원가 관리 시스템 구축

제조업 법인세가 일회성 환급에 그치지 않고 매년 재고 평가 오류가 반복되지 않도록 제조 원가 산정 프로세스를 정비해 드렸습니다.

이제 의뢰인은 매년 결산 때마다 정확한 원가율을 파악하고, 예측 가능한 범위 내에서 세금을 관리할 수 있게 된 것이죠.

“제조업 세무, ‘원가’를 모르면 세금은 줄지 않습니다.”

제조업은 일반 서비스업과 다릅니다.

원가가 어떻게 계산되느냐에 따라 이익이 춤을 추고, 연구소 운영 여부에 따라 세금이 수천만 원씩 차이가 납니다.

일률적인 기장 방식으로는 숨어있는 절세의 황금알을 결코 찾을 수 없죠.

재고는 쌓이는데 세금은 왜 이렇게 많이 나오는지 의문이십니까?

연구소는 있는데 세금 혜택을 제대로 받고 있는지 확신이 없으십니까?

제조업에 최적화된 테헤란의 진단으로, 과거에 더 낸 세금은 돌려받고 앞으로의 세금은 극한으로 줄여보시길 권해드립니다.